Christof Brunner wurde 1972 in Zürich geboren. Nach der Schulzeit studierte er bei Brenton Langbein und Adelina Oprean an der Musikakademie der Stadt Basel Violine sowie Dirigieren bei Jost Meier. Es folgte eine Dirigierausbildung an der Hochschule für Musik und Theater in Zürich bei Johannes Schlaefli.
In dieser Zeit dirigierte Christof Brunner das Westböhmische Symphonieorchester Marienbad, die Janacek Philharmonie Ostrava und das Kammerorchester Berg in Prag. 2003 schloss er sein Studium erfolgreich ab. Als musikalischer Leiter steht Christof Brunner dem Accento Musicale Zürich sowie dem Sinfonieorchester TiFiCo vor. Während neun Jahren war er Dirigent der Winterthurer Symphoniker. Gastdirigate führten ihn zum Orchestra Giovane, dem Sinfonieorchester Nota Bene und der Zuger Sinfonietta.
Daneben dirigierte Christof Brunner verschiedene Opernproduktionen, unter anderem mit Opernhausen und der Jungen Oper Zürich. Zusammen mit der Zuger Sinfonietta und ehemaligen Dimitri-Schülern entstand 2004 das Kinderprojekt Babar. Im Sommer 2006 trat Christof Brunner erstmals am Davos Festival Young Artists in Concert auf. Für das Lucerne Festival schrieb er die Musik zum Kindermusical Ahoi. Seit 2007 hat Christof Brunner einen Lehrauftrag als Dozent für Orchesterleitung an der Zürcher Hochschule der Künste.